Yemek borusundan geçerek mideye ulaşan karbonhidratlar burada kimyasal sindirime uğramaz. Midedeki HCI nedeniyle ortam asidik olduğundan, karbonhidratların sindiriminde gerekli enzimler burada işlev yapamaz. Bunun yanında midede karbonhidrat sindiriminde gerekli enzim salgısı da olmaz. Asitli olan besin karışımı buradan ince bağırsağa giderken on iki parmak bağırsağının kana salgıladığı sekretin hormonu da pankreası uyarır. Pankreas bezinin wirsung kanalıyla on iki parmak bağırsağına gönderdiği pankreas özsuyunda bulunan amilaz enzimi ağızdaki gibi glikojen ve nişastayı maltoz ve dekstrinlere ayrıştırır.

Nişasta + Su ---Amilaz-----> Maltoz + Dekstrin.

Disakkaritlerin sindirimini sağlayan enzimlerde ince bağırsakta üretilir. Ağız ve ince bağırsakta sindirilen polisakkaritlerin sonucunda meydana gelen maltoz ve disakkaritler, ince bağırsağa ulaştığında monosakkaritlere parçalanır.

Maltoz + Su ----------> Glikoz + Glikoz.

Sükroz + Su ----------> Glikoz + Fruktoz.

Laktoz + Su ----------> Glikozla + Galaktoz şeklinde gerçekleşir.

Vücutta yapım ve onarım için kullanılan proteinler, aynı zamanda enerji verici olarak da değerlendirilir. Kimyasal sindirim proteinler için ağızda başlar. Bunun devamında midede süren kimyasal sindirim, ince bağırsakta sürdürülür. Ağızdan yemek borusuna oradan mideye geçen besinler midede pilor bölgesinde bulunan bazı bezleri uyarır. Bezlerden salgılanan gastrin hormonu da kan yoluyla diğer bezleri uyarır. Bezlerden mide boşluğuna salgılanan mide özsuyu enzimleri burada protein sindiriminin başlamasını sağlar. Mide özsuyu içinde HCI, pepsinojen, süt çocuklarında renin denen lap enzimi olur. Bunun yanında mide duvarının hidrolik asit ve enzimlerden korunmasını sağlayan mukus salgısı da gastrin hormonunun sayesinde daha fazla salgılanır.

Pepsinojen enzimi aktif değildir. Bu nedenle önce HCI sayesinde aktif enzime dönüştürülür. Böylece pepsin proteinleri pepton denilen parçacıklara ayrıştırır.

Pepsinojen + HCI ---------> Pepsin (Aktif enzim)

Protein + Su ---Pepsin-----> Polipeptit (Pepton)

Süt çocuklarında protein sindirimi midede önce lap enzimiyle, sütte bulunan proteinler kazeine dönüştürülür. Ardından pepsin kazeinlerin amino asitlere ve polipeptitlere ayrıştırır.

Süt Proteinleri ---Lap------> Kazein + Su.

Kazein ---Pepsin-----> Polipeptit + Aminoasit.

Bu aşamalardan sonra midede bulunan besinler kimus denen bulamaç halinde ince bağırsağa geçer ve bu sırada ince bağırsağın salgıladığı sekretin hormonu da pankreas bezini uyarır. Protein sindirimini pankreas özsuyunda bulunan tripsinojen ve kimoptripsinojen sürdürür. Bu maddeler ince bağırsaktan salgılanan entekrokinaz enzimiyle aktif tripsine ve kimoptripsine dönüştürülerek, mideden gelen polipeptitler dipeptitlere parçalanır.

Tripsinojen (Pasif Enzim) + Enterokinaz ----------> Tripsin.

Polipeptit + Su ---Tripsin---> Dipeptit + Aminoasit.

Dipeptitler tekrar ince bağırsak tarafından salgılanan erepsin enzimiyle aminoasitlere dönüştürülür.

Peptit + Su ---Erepsin----> Aminoasit.

Proteinlerin kimyasal sindirimi sonucunda oluşan aminoasitle, ince bağırsak yüzeyindeki villuslar aracılığıyla emilerek kanla karaciğere ve oradan hücrelere ulaşır.

Katı veya sıvı olarak sindirime giren yağlar yapı ve enerji verici olarak kullanılır. Yağlar için kimyasal sindirim ince bağırsakta başlamakta ve burada tamamlanmaktadır. Mideden ince bağırsağa geçen besin karışımının bu geçişi sırasında on iki parmak bağırsağından kolesistokin ve sekretin hormonları salgılanır. Sekretin hormonunun uyarımıyla pankreastan yağ sindirimi için lipaz enzimi üretilir. Kolesistokin hormonu da kanla karaciğeri uyarır ve on iki parmak bağırsağına safra salgılanmasını sağlar. Safra yağları küçük parçalara ayrıştırır. Böylece yağ moleküllerinin yüzeyi genişler ve lipaz enzimi etkin hale getirilir. Lipaz suyla beraber yağları yağ asidi ve gliserole parçalar.

Yağ + Safra -----------> Küçük yağ tanecikleri.

Yağ tanecikleri + Su ----Lipaz-----> Yağ asitleri + Gliserol.

Yağların kimyasal sindirimi sonucunda monomerler oluşur ve ince bağırsaktaki villus lenf kılcallarıyla emilerek kan dolaşımına girer.